Variants et mutations du SARS COV-2

Le point sur les mutations du SARS-COV-2

Depuis le 31/05/2021, en raison de l’apparition de nouveaux variants préoccupants et de leur circulation sur le territoire, les autorités sanitaires ont fait évoluer les modalités de criblage des échantillons positifs vis-à-vis du SARS CoV-2 (bulletin MINSANTE n°2021-72 du 26 mai 2021).

Désormais, les 3 mutations d’intérêt sont systématiquement recherchées dans les laboratoires du groupe LABEXA. Il s’agit des mutations :   E484K, E484Q, L452R

Ces mutations sont impliquées dans une augmentation de la transmissibilité et/ou une diminution de la sensibilité à l’immunisation.

Conformément aux exigences des autorités les comptes-rendus des laboratoires du groupe LABEXA ont évolué font apparaitre la présence ou l’absence de ces mutations.

Depuis, un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été détecté en Afrique du Sud. Ce nouveau variant B.1.1.529 est classé comme VOC (« variant of concern ») et nommé variant « Omicron ».
A ce jour, la détection du variant omicron ( B.1.1.529 ) ne peut être confirmé uniquement par séquençage. Les laboratoires du groupe LABEXA transmettent les demandes de séquençage des échantillons suspects au laboratoire CERBA.

POUR EN SAVOIR PLUS

Quelle est la différence entre un variant et une mutation ?

Le virus SARS CoV2, comme d’autres virus, évolue en permanence et accumule des changements dans son patrimoine génétique ; ces changements sont appelés des mutations.

On parle de variant lorsque plusieurs mutations significatives ont été introduites dans le génome du virus et qu’il diffère significativement de la souche d’origine.

Parmi l’ensemble des mutations, certaines sont dites « d’intérêt » car elles sont associés soit à une augmentation de la transmissibilité, soit à une diminution de l’efficacité de certains vaccins

En pratique au sein des laboratoires du groupe LABEXA

En cas de diagnostic positif d’un premier test RT-PCR, un test RT-PCR de criblage est réalisé. Cette Rt-PCR de criblage permet de détecter les principales mutations d’intérêt E484K, E484Q et L452R en raison de leur impact sur la transmissibilité (L452R) ou un possible échappement à la réponse immunitaire (L452R, E484K et E484Q).

Les données des résultats des tests RT-PCR de dépistage et de criblage sont transmises au SIDEP et analysés par Santé publique France. Ceci permet d’évaluer en temps réel la circulation du virus sur le territoire.

Ces données, associées aux indicateurs épidémiologiques (incidence, taux de positivité) et aux données issues du contact-tracing (éventuels clusters) sont utiles pour identifier de manière réactive toute situation anormale pouvant faire suspecter l’émergence et la diffusion de certains variants porteurs de mutations d’intérêts dans un territoire donné.

En cas de situation inhabituelle identifiée, un renforcement du séquençage pourra être mis en place dans la zone géographique concernée.

Les biologistes du groupe LABEXA